Flatpak使用Bubblewrap實現應用程式沙盒化，並規範了一套權限(permission)，加強系統安全性。
如果使用Flatpak安裝應用程式，你可能會遇到一些問題，比如Chrome瀏覽器的檔案管理員無法開啟特定硬碟的檔案、無法拖曳圖片到瀏覽器、或者是檔案選擇器只有Downloads？
這樣你發現沙箱權限的安全之處了吧，Flatpak打包的應用程式預設是無法存取使用者家目錄以外的檔案的，如果應用程式又沒使用XDG Portal API的話，你就得手動賦予權限。
想確定Flatpak的程式能否看到特定目錄的檔案，可以嘗試登入容器的shell，再執行指令。
flatpak run --command=/bin/bash io.mpv.Mpv
ls /
如果看不到特定目錄，那就得調整權限了，權限賦予可用flatpak override指令，我個人則是比較喜歡用圖形化前端FlatSeal操作啦。
1. 用flatpak override指令調整權限#
flatpak override這個指令可以開關網路、目錄、匯流排、硬體裝置、X11伺服器等等的存取權限，也可以用來設定環境變數。
flatpak override指令的寫法如下，中間是權限（可接多個，注意要加等號），最後面是應用程式名稱
flatpak override --filesystem=hosts org.mozilla.Firefox
如果您想知道詳細權限的用途，請看 Flatseal文件和 Flatpak文件的說明。
2. 用圖形化程式FlatSeal調整權限#
每個程式都要手打指令不是很方便，所以我通常會使用圖形化的FlatSeal調整權限。
Flatseal本身也是個Flatpak軟體：
flatpak --user install com.github.tchx84.Flatseal
裝好開啟就可以調整權限了。
FlatSeal欄位都有對應flatpak override指令的提示，像Enviornment對應的是flatpak override指令中的--env，也就是環境變數；File system則是對應--filesystem，指該應用程式可存取的目錄。
FlatSeal會將調整過的權限放置在~/.local/share/flatpak/overrides/，修改權限後重啟程式才會套用。Flatpak程式執行時會讀取這裡的權限設定。
調整權限務必小心，有些程式如果開到「存取所有目錄的權限」(--filesystem=host或--filesystem=user)則檔案放置的位置會亂掉，例如Flatpak版Chrome的設定檔會放在~/.var，開了之後會變回預設的~/.config。且根據Flatpak文件，filesystem=host其實也沒有真的開放全部系統目錄。
所以通常我是看需求開放，如果Flatpak程式在彈出檔案選擇器的時候沒有用到Portal API導致檔案看不到，那我才會開放權限。
下面介紹常用權限。
「All Applications」是全域設定，你也可以僅給特定應用程式開放權限。
想要解決Flatpak應用程式讀不到特定目錄的問題，點選All Applications欄位，捲動到File System，在Other Files加入路徑即可。
比方說我有一個額外掛載的硬碟，用lsblk指令查看後，掛載點確認是/run/media/user/SSD，那麼就將路徑加進去Other Files。路徑後面還可以加上:ro或:rw規定該目錄是否為唯讀狀態。
又如，你需要使用
Nvidia PRIME的環境變數，那麼就在Environment欄位設定
如果你想強迫特定程式以X11模式執行，就把Wayland的權限關掉，這樣在Wayland工作階段下該程式就會變成XWayland模式執行。
有些程式資料喜歡亂放，可把Filesystem和Persistent的權限關掉，強迫程式把資料放到~/.var。不過如果程式開發者沒有考慮到Flatpak設定，你這樣做可能會影響該程式與其他程式的整合。
害怕應用程式亂回傳資料的，直接在Share → 關掉Network斷它網路！
Device欄位的All Devices權限關掉後，應用程式就無法存取相機和USB裝置。