桌面應用程式相對系統應用程式而言，指的是瀏覽器、辦公、美工軟體。Linux發行版大部分透過套件管理員安裝桌面應用程式，這個過程多半是會用到指令。這時如果有一個「應用程式商店」前端的話，安裝軟體便會直覺許多，也方便初階使用者搜尋與安裝軟體。
這幾年來為初級使用者考慮的Linux發行版越來越多，且隨著跨發行版的 Flatpak技術崛起，開始出現了「應用程式商店」。安裝Linux的桌面應用程式不需要完全靠指令了，也就不用費心查詢各發行版的某某軟體套件叫什麼名字。
應用商店就像手機上的Google Play或App Store一樣，方便使用者以圖形方式安裝應用程式，有些商店還有使用者評分功能(跨發行版可見)。
下面介紹3個跨Linux發行版的應用商店前端，Linux可以同時存在好幾個桌面環境和應用商店。然而尷尬的是對大部份Linux發行版來說，非內建的軟體商店還是得用指令安裝。
1. GNOME軟體#
英文名GNOME Software。以GTK寫成，可以說是最常見的應用程式商店了。為Ubuntu、Fedora、GNOME桌面環境預設的應用程式商店，除了安裝軟體外，也充當更新系統軟體的前端。據說未來Flathub會加入軟體付費功能。
首頁有鮮明的應用程式分類。
找不到的話就直接搜尋，點進去會看到應用程式資訊。右上角會顯示應用程式來源。
有應用程式分級，還會顯示權限、隱私等資訊，最下面則是使用者評分。
在「已安裝」頁面則是方便使用者管理安裝的軟體。
2. KDE Discover#
以QT寫成，為openSUSE、Fedora Spin、Manjaro、KDE桌面環境預設的應用程式商店。同樣能充當更新系統軟體的前端。
首頁有應用程式分類，不過是以側邊欄位顯示。
搜尋軟體會顯示評分，還有軟體下載來源，同樣有使用者評分。
安裝KDE Discover之後，也會自動檢查系統軟體更新。
3. App Outlet#
此應用商店專為安裝Flatpak、Snap、AppImage格式的軟體而生，不包含系統套件管理員的軟體庫。使用前需要先安裝Flatpak和Snap至系統。
首頁有常用軟體分類，圖示大的嚇人。
在搜尋軟體的時候，會在圖示左上角顯示軟體的來源。例如搜尋「Minecraft」，App Outlet會同時顯示Snap Store、Flathub、AppImage Hub的軟體來源。
總結#
Linux的應用程式商店，尤其是GNOME商店其實有一個問題，那就是回應速度。不少使用者包括筆者都看過GNOME商店一直轉圈圈，改用指令安裝軟體卻馬上就好的現象。此一問題有勞Linux社群持續改進。
一旦此類問題解決，應用商店有望能提昇使用者安裝軟體的體驗，讓常用軟體不再那麼難以安裝。